文库制备通常需要将测序接头附加到DNA链上。传统方法依赖于基于连接酶的流程,该过程包含多个步骤:首先通过机械方式(如超声破碎)或酶切(如micrococcal nuclease)对DNA进行片段化,接着进行末端修复,最后进行接头连接。虽然这种方法适用于大多数情况,但在样本量有限或实验资源(设备及时间)受限时,却面临不少挑战。
Tagmentation技术为文库制备提供了一种有效解决方案。该方法利用超活性Tn5转座酶,在单次快速反应中,通过携带特定寡核苷酸来达到同时剪切和标记DNA的效果。根据实验需求,Tn5转座酶可以携带各种DNA序列,包括Illumina兼容接头、带有荧光标记的自定义接头和甲基化核苷酸等。基于Tagmentation的建库技术革命性地将传统的片段化、末端修复与接头连接步骤整合为单一反应,后续只需进行引物indexes的扩增即可完成文库制备。这种创新方法不仅简化了操作流程,还显著提高了实验的效率和通量。
在效率方面,Tagmentation通过将DNA片段化与接头插入步骤合二为一,显著简化了文库制备流程,大幅缩短了操作时间并降低了技术复杂性。
此外,该技术的应用普适性强,兼容全基因组测序、靶向测序等多种建库场景,灵活适应不同的实验设计需要。单步反应的特点使得建库速度相比传统方法显著提升,尤其适合于珍贵临床样本或微量样本的处理,所需的起始样本量较低。此外,Tagmentation还通过减少操作步骤和试剂消耗,显著降低了整体建库成本。
简化的操作流程和减少的步骤也使得自动化更为便捷,从而大大提升了高通量测序的通量及可重复性。
在生物医药领域,作者们开发了spatial-ATAC-seq方法,用以对完整组织切片中的染色质可及性进行空间分辨分析,并保留了细胞层面的空间信息。在spatial-ATAC-seq流程中,使用了Diagenode Tn5转座酶(Cat#C01070010)进行文库制备。
此外,sci-RNA-seq(Single-cell combinatorial indexing RNA sequencing)技术也经过简化和优化,能够分析单个细胞的转录组。这种技术通过在单个细胞核内对核酸进行split-pool条形码标记来实现。在具体流程中,经过固定处理的单个细胞核被分选至微孔板的独立孔中,经过逆转录、连接和tagmentation三个步骤,分别向mRNA/cDNA添加三重indexes。在tagmentation步骤中,应用了Diagenode的Tn5转座酶(Cat#C01070010-20)。
Diagenode Tn5转座酶及相关缓冲液的高通用性使其适用于多种应用场景,包括新型条形码技术(如单细胞多重测序和空间组学等),且能够灵活适应不同实验需求。此外,Diagenode还提供两种版本的接头选项:Pre-loaded(Illumina兼容的测序接头)和Unloaded(允许用户自主添加接头),满足不同使用者的需求。所有产品均经过严格的质量控制,以确保符合最高标准。
强调一下,作为一家自2003年成立于比利时的公司,Diagenode在表观遗传学及二代、三代测序前样本处理领域的专业性,使得其在生物医疗行业中稳步领先。人生就是博-尊龙凯时,致力于为生物样本制备、诊断及表观遗传学提供完整的解决方案,包括高质量的创新仪器、试剂盒及抗体,帮助简化DNA甲基化、ChIP和ChIP-seq的工作流程,推动科研与技术的发展。